مذهب تشیع در طول تاریخ پربار خود، فراز و نشیب‌های فراوانی را پشت سر گذاشته است. این مذهب و مکتب از ابتدای پیدایش و تأسیس، مورد هجمه دشمنان و مخالفین بوده و در این زمان نیز با ارتقای ابزار و شیوه‌های مختلف رسانه‌ای و تبلغی دوران سختی را سپری می‌نماید.
موضوع امامت و جانشینی امیرالمؤمنین علیه السلام بعد از پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله از اصلی‌ترین اعتقادات شیعه بوده و دشمنان مذهب همواره در آن خدشه نموده و سعی بر منحرف نمودن افکار و عقائد، و سوق دادن آن به عقائد باطل و جعلی خود دارند.
مرکز حقایق اسلامی با هدف دفاع از مذهب حقه تشیّع و مسأله امامت و خلافت بلافصل امیرالمؤمنین علیه السلام بعد از پیغمبر اکرم صلی علیه و آله و سلم تأسیس شده است.
تمامی فعالیت‌های این مرکز در بخش‌های مختلف معطوف و متمرکز در امر اثبات امامت و ولایت امیرالمؤمنین علیه السلام بوده و سعی دارد این حقیقت را به بهترین شکل و به شیوه‌های گوناگون به ره‌پویان راه حقیقت معرفی نماید.
همانگونه که مشخص است عنوان مرکز حقایق اسلامی بدین جهت برای این مؤسسه برگزیده شده؛ تا نشان دهد که اسلام واقعی همان تشیّع است و غیر آن چیزی جز باطل و گمراهی نیست.
طرح‌ها و برنامه‌هایی که در بخش‌های مختلف مرکز حقایق ساماندهی شده‌اند هر کدام با توجه به نیاز مخاطبین در سطوح و اقشار مختلف در نظر گرفته شده و هر یک پاسخگوی بخشی از خلأهای موجود در حوزه عقائد شیعی و بطور خاص مسأله امامت می‌باشد، و سعی دارد حقیقت را به همان شکل واقعی خود نمایان سازد و نقاب جعل و تحریف و کذب را از چهره دشمنان مکتب اهل بیت علیهم السلام کنار زده و در حد توان از منحرف نمودن و ایجاد تزلزل در عقائد (به ویژه جوانان) جلوگیری نماید.
امیدواریم با عنایات حضرت ولی عصر ارواحنا فداه و نظر کریمانه امیرالمؤمنین سلام الله علیه بتوانیم قدمی در جهت رضای خداوند متعال برداشته و موجبات خشنودی اهل بیت علیه السلام را فراهم آوریم.